组织芯片和蛋白芯片是两种截然不同的高通量技术。组织芯片是将数十至数百个微小组织芯（如0.6mm）整齐排列于一块受体蜡块上，制成切片后用于原位分析，其研究对象是保持着完整组织形态的细胞和基质，常用于免疫组化或原位杂交，以验证生物标志物在组织原位中的表达和定位。而蛋白芯片则是将大量纯化的蛋白质、抗体或细胞裂解液高密度点印在固相载体（如玻片）上，其研究对象是分离的蛋白质分子，通过一次反应检测成百上千种蛋白的丰度、相互作用或翻译后修饰。简言之，组织芯片保留空间形态，提供原位信息；蛋白芯片则聚焦于分子丰度与功能，两者互为补充。
