组织芯片阵列的点数没有绝对的上限，其容量主要取决于受体蜡块的尺寸、打孔针的直径以及阵列仪的机械操作精度。在常规病理研究中，使用标准载玻片大小的受体蜡块（通常为 20mm x 35mm 的有效区域），配合 0.6mm 直径的取样针，可以轻松容纳 500 至 600 个组织点。如果采用更细的 0.4mm 针径，阵列密度能突破 1000 个点。在极端高密度设计下，通过自动化机械臂与精密定位，单张切片上甚至可以制作包含 2000 至 3000 个组织点的大型阵列。不过，增加点数的同时必须兼顾点间距，以防止切片或免疫组化染色时组织点脱落或信号交叉污染，一般建议点边缘间距保持在 0.2mm 以上。
