在组织芯片上进行FISH分析时,核心组织点的三维细胞重叠和石蜡包埋组织固有的自发荧光是两大关键挑战。针对细胞重叠,关键步骤在于严格的样本前处理,包括使用厚度仅3-4微米的超薄切片,并结合长时间蛋白酶K消化以充分暴露核酸,确保探针穿透所有细胞层,实现单层、清晰的信号聚焦。对于自发荧光,通常采用光谱分离技术,选用发射光在远红光或近红外区域的荧光基团标记探针,以避开组织在绿光波段的强自发荧光区。更优的方案是采用无需荧光显微镜的明场FISH技术,如银染原位杂交或显色原位杂交,通过酶促显色反应生成永久性可见信号,从根本上消除自发荧光的干扰,极大提升在组织芯片高通量分析中信号判读的准确性与可重复性。