石蜡组织芯片（FFPE-TMA）制作流程长，需经福尔马林固定、梯度脱水及石蜡包埋，这一过程虽会导致部分抗原表位交联遮蔽和核酸碎片化，但赋予了蜡块极强的常温稳定性，切片可长期室温保存，是回顾性大规模队列研究及免疫组化（IHC）优化的金标准。
冰冻组织芯片（Frozen-TMA）则采用新鲜组织速冻后包埋于OCT介质中，全程无需固定脱水，能完好保留酶活性、脂类及极敏感的抗原构象，因此是免疫荧光、RNA原位检测及DNA/RNA提取等分子生物学研究的首选。其核心局限在于需严格的-80°C深低温保存，冰晶形成易破坏细胞形态，且难以像石蜡切片那样进行精准的连续切片和长期归档。
