组织芯片常用的组织芯直径在 0.6 mm 至 2.0 mm 之间，其中 0.6 mm 和 1.0 mm 是应用最广泛的标准尺寸。这一设计是病理学中代表性与通量的精妙平衡。
选择 0.6 mm 直径，每个受体蜡块可排列多达数百个点阵，极大提升了高通量分析效率，且对供体蜡块损伤小。研究表明，单个 0.6 mm 的组织芯已能高度代表全组织切片中分子标记的表达，取 2-3 个芯则能弥补肿瘤异质性带来的偏差。当研究弥漫性病变或需提取足量生物大分子时，则会选用 1.0 mm 或 2.0 mm 的大直径芯，以确保样本充足。因此，直径的选择本质上是基于研究目的、病变特征和下游分析技术的综合决策。
