HE预切片是组织芯片制作中不可或缺的质量控制与精准定位基石。首先，供体蜡块在长期存档过程中，组织完整性可能因脱水、包埋等环节出现裂隙、折叠或退化，仅凭蜡块表面无法判断内部质量。通过HE染色预切片，病理医师可在显微镜下清晰观察组织形态，筛选出富含典型病变且无坏死、出血的代表性区域，剔除不合格供体。
其次，HE预切片是构建“供体-受体”精准对应关系的导航图。技术人员将其与原始蜡块仔细比对，使用标记笔圈定目标区域，确保后续打孔取样能精确命中富含肿瘤细胞或特定结构的部位，从而将数百个核心样本的高通量分析建立在单个样本细胞级别的准确性之上，是保障芯片数据可靠性的第一道关口。
