组织芯片（TMA）交叉污染主要导致假阳性结果。其机制在于，在免疫组化染色或原位杂交的脱蜡、抗原修复及孵育过程中，若某一个强阳性组织芯柱的细胞碎片发生脱落，这些携带了高浓度靶抗原的微小碎片会随着液体流动，迁移并黏附到原本应为阴性的相邻组织芯柱上。镜下观察时，污染碎片呈现的强着色信号会被误判为该阴性样本的阳性表达，从而直接导致数据错误和诊断偏差。
相对而言，交叉污染极少直接导致假阴性，因为阴性芯柱不产生阳性信号源，而阳性芯柱本身抗原浓度极高，被少量阴性碎片污染后，其强信号通常不会被掩盖。因此，在TMA构建、切片及实验操作中，严格避免切片刀片携带碎片、控制液面扰动是防止这种假阳性污染的关键。
