石蜡组织芯片（FFPE-TMA）采用福尔马林固定、石蜡包埋，组织形态保存极佳，抗原稳定性高，可长期室温存档。其流程耐受高温抗原修复，特别适合回顾性临床队列的大规模免疫组化（IHC）与DNA原位杂交分析。然而，FFPE过程会严重破坏RNA完整性，且导致部分抗原表位被交联遮蔽。
冰冻组织芯片（Frozen-TMA）将新鲜组织速冻后包埋于OCT介质，省去了固定与脱水步骤，能最大限度保留蛋白质的天然构象与酶活性，尤其完美保存了RNA的完整性，是免疫荧光和RNA原位杂交检测的金标准。其代价是组织形态常出现冰晶空隙，且芯片需要-80°C深低温保存，切片与长期储存的技术门槛和成本均远高于石蜡芯片。
